Современная зоологическая классификация разделяет тип Хордовые на три контрастных подтипа, отражающих ключевые ступени эволюционного усложнения:
- Подтип Бесчерепные (Acrania):
- Наиболее архаичная группа примитивных хордовых.
- Характерно отсутствие обособленной головы, черепной коробки, головного мозга и развитого сердца.
- Хорда, нервная трубка и глоточные жаберные щели функционируют на протяжении всей жизни особей.
- Единственный современный класс — Ланцетники (Branchiostomidae), насчитывающий около 30 видов морских донных фильтраторов (европейский ланцетник, азиатский ланцетник).
- Подтип Личиночно-хордовые, или Оболочники (Urochordata / Tunicata):
- Специализированная ветвь хордовых, освоивших сидячий фильтрующий или планктонный колониальный образ жизни.
- Признаки хордовых (хвостовая хорда, дорсальная нервная трубка, развитые глазки и статоцисты) выражены исключительно у свободноплавающей хвостатой личинки.
- Во взрослом состоянии подвергаются глубокому регрессивному метаморфозу: утрачивают хорду и хвост, нервная трубка деградирует до компактного нервного узла, а тело покрывается тунициновой капсулой.
- Включает классы:
- Асцидии (сидячие одиночные и колониальные мешковидные формы);
- Огнетелки, или Пиросомы (пелагические свободноплавающие колонии с яркой биолюминесценцией);
- Сальпы и Бочоночники (прозрачные реактивно плавающие морские животные);
- Аппендикулярии (сохраняющие личиночный хордовый хвост во взрослом состоянии).
- Подтип Позвоночные, или Черепные (Vertebrata / Craniata):
- Доминирующая, высшая группа хордовых с окостеневающим осевым скелетом, черепом, высокодифференцированным пятиотдельным мозгом и сложными органами чувств.
- Охватывает более 95% всех современных видов типа, разделяясь на две крупные эволюционные категории:
- Бесчелюстные (круглоротые — миноги и миксины);
- Челюстноротые:
* Надкласс Рыбы (классы Хрящевые рыбы — акулы, скаты; Костные рыбы — осетровые, лососевые, окуневые и др.);
* Четвероногие (Тетраподы): класс Земноводные (лягушки, тритоны), класс Пресмыкающиеся (ящерицы, змеи, черепахи, крокодилы), класс Птицы и класс Млекопитающие (звери).